Самой первой больницей в истории Саратова была Александровская земская больница(ныне 2-я городская). Больных в неё свозили не только из Саратова, а со всей губернии (поэтому «земская»). Она была открыта в 1806 году на деньги саратовских дворян, купцов и Императора Александра I, за что и получила свое название. Будучи единственной в городе, земская больница не справлялась с потоком страждущих. Пациентов размещали в коридорах, были заняты все свободные места так, что одновременно в ней проходило лечение до 300 человек (при расчетном количестве - 200).
О постройке городской больницы озаботилось другое сословие – мещане, которых в Саратове насчитывалось около двух тысяч. Начиная с 1856 года, они уплачивали сначала по 2 копейки, потом по четыре, а с 1860 года по гривеннику с души на грядущее строительство. Однако всё упиралось в бюрократические препоны. Продолжалось это до тех пор, пока Император Александр II не объявил о войне с Турцией. Случилось это 12 апреля 1877 года. На средства города были устроены 3 военных госпиталя на 400 кроватей. Но из-за того, что боевые действия происходили далеко от Саратова, лазареты оказались мало востребованными, и менее чем через год Дума решила закрыть их, а имущество передать в ведение Городской управы, которая в тот же день постановила открыть временную городскую больницу на 100 кроватей «с тем, чтобы половина из них была бесплатной для беднейших лиц из городского населения».
Открывшись 15 сентября 1878 года, больница располагалась в неприспособленных помещениях. Мест в каждом отделении было немного, да и условия для больных там не соответствовали нормам. Поэтому к лету 1890 года на месте винных погребов был построен комплекс зданий для городской больницы на 100 коек (главный каменный павильон на 70 коек и два деревянных барака). Это тот самый квартал, где городская больница №1 располагается и поныне.
Каменный двухэтажный корпус включал в себя палаты с отдельными ванными, умывальниками, писсуарами и ретирадными местами (комиссия предложила заменить их на ватер-клозеты). Операционная располагалась на втором этаже. В подвале — водогрейные котлы парового отопления и комнаты для прислуги (16 человек). Комиссия посчитала недопустимым селить работников в подвале. Было рекомендовано устроить там склад, а для прислуги строить барак. Ещё одним крупным недостатком являлось размещение амбулатории в одном здании с палатами, что приводило бы к взаимному заражению приходящих и лежащих больных. Амбулаторию рекомендовали вынести в специальный барак. «Ампутационную также надо обязательно вынести из главного корпуса, с целью антисептики, чтобы стоны оперируемых не отражались болезненно на больных в палатах», было указано в акте.
В 1892 году строители сдали два одноэтажных деревянных барака для заразных больных (на 10-12 коек, развернутых в связи с эпидемией холеры). Были выстроены двухэтажное каменное здание для размещения там дезинфекционной камеры, бани, прачечной, сушилки; одноэтажная каменная усыпальница с комнатой для вскрытия; двухэтажное здание под квартиры доктора, эконома и старшего фельдшера; дровяной сарай, несколько мелких строений — кладовых, конюшен, каретников, складов, сеновала.
Количество корпусов росло. Многие улучшения стали возможны благодаря энергии и предприимчивости старшего врача больницы Алексея Петровича Минха, который заведовал ей до 1924 года. Потомственный почётный гражданин Иван Герасимович Кузнецов, которому А.П. Минх сделал успешную операцию, на свои деньги поcтроил для больницы здание лечебницы для хроников (ныне – 4-я детская больница на Хользунова/Шелковичной). В 1906 году принял первых рожениц роддом, построенный по проекту архитектора Стерлигова (ныне 1-й Родильный дом). Строительство было инициировано губернатором Петром Столыпиным. В его основу заложили проекты лучших родильных домов Австрии, Франции и Германии. С 1911 года больница стала базой для медицинского факультета Саратовского университета из-за чего часть помещений стали использоваться под преподавание и обучение – стало теснее. На начало 1914 года по Саратову было всего 600 больничных коек на 250 тысяч населения.
20 января 1915 года городской голова подал губернатору прошение о строительстве нового здания городской больницы на 200 коек. На кредит касс городского и земского кредита летом того же года в саду больницы начинается строительство «каменного заразного барака на 200 коек, на 4 инфекции со строгой изоляцией» по проекту Семена Каллистратова (автор реконструкции Консерватории, гостиницы «Астория», нескольких школ-дворцов). Проект Каллистратова предусматривал паркетные полы на обоих этажах, боковые мозаичные лестницы и парадную чугунную с чугунными решетками и дубовыми поручнями. «В здании предусмотрены палаты, коридоры, столовая, буфет, бельевая, комната для прислуги, комнаты: сёстрам, надзирателю, фельдшеру, кабинеты врачей, операционная, лаборатория, дежурная, подвал, клозеты. В подвале: сторож, кладовая, центральное отопление, центральная вентиляция», указано в описании нового корпуса.
С 1918 года больница стала называться «1-й Советской».
В 1967 году к больнице был пристроен новый лечебный корпус на 300 коек.
С 1972 по 1990 год в состав больницы входила скорая медицинская помощь Саратова, поэтому полное название больницы звучало, как «Городская клиническая больница скорой медицинской помощи им. Ленина».
27 лет подряд больницей заведовал Юрий Яковлевич Гордеев, заслуженный врач РСФСР. В сентябре 2003 года городской больнице №1 было присвоено его имя.
Сегодня в состав ГУЗ Саратовская городская клиническая больница № 1 им. Ю. Я. Гордеева входят: стационар на 760 коек, поликлиника, женская консультация и кардиодиспансер Октябрьского района. На её базе размещены 4 кафедры медицинского университета. Ежегодно в больнице получают стационарное лечение и обследование около 35 тысяч человек, выполняется около 10 тысяч операций. На территории расположено 13 объектов культурного наследия регионального значения, постройки кон. XIX — нач. ХХ вв. (здание поликлиники, корпус терапевтического и кардиологического отделения, здание роддома, корпус заразных болезней, гинекологическое отделение, корпус № 8, корпус № 7, здание администрации, хозяйственный корпус, здание морга, пищеблок, церковь-часовня, общежитие).