В 1826 году Гаврила Иванович Чернышевский выстроил дом с флигелями и хозяйственными службами для своей семьи. В строительстве помогал материалами и людьми губернатор А.Д. Панчулидзев. Им подписан план на постройку дома и флигеля. Семья Чернышевских заняла свой дом в начале 1830-х годов (до этого его снимали квартиранты, а Чернышевские жили вместе с П.И. Голубевой и ее дочерью Александрой в доме Голубевых (Пыпиных).

Николай Гаврилович Чернышевский в родительском доме жил до 17-летнего возраста и после возвращения из Петербурга, где он учился в университете, с 1851 по 1853 г.г. После свадьбы Николай Гаврилович и Ольга Сократовна Чернышевские уехали жить в Петербург. В саратовском доме оставались овдовевший Гаврила Иванович и Пыпины. По завещанию Г. И. Чернышевского дом передавался сыну Николаю, но поскольку он с семьей жил в Петербурге, дом поручался "в полное и безотчетное распоряжение родственникам и благодетелям" Н.Д. и А.Е. Пыпиным и их детям.

После ареста и завершения следствия Н.Г. Чернышевский был лишен гражданских и имущественных прав и сослан на каторгу и в бессрочную ссылку в Сибирь. В 1864 году дом был выкуплен А.Н. Пыпиным в целях сохранения его для семьи Чернышевского. Начиная с 1860-х годов дом сдавался в аренду, но под контролем и опекой Пыпиных. Именно они спасли собственность Чернышевских после трагического события - пожара 1866 года. Дом пострадал достаточно серьезно: сгорели деревянная крыша, пристрой, ставни, рамы, двери. Два года дом стоял заколоченным. Летом 1868 года Пыпины отремонтировали его. Экстерьер и интерьер здания в результате ремонта изменились в соответствии с архитектурными требованиями 1860-х годов. Тогда же исчезли и деревянные ставни на окнах.

В 1879 году дом был передан по дарственной записи достигшим совершеннолетия сыновьям Чернышевского - Александру и Михаилу. Но они жили в Петербурге, поэтому присмотр за домом продолжали осуществлять Пыпины. В июле 1889 года Н.Г.Чернышевский вернулся в родной город. В Саратове он снял квартиру в доме Никольского, недалеко от сада»Липки». Его родной дом сдавался в аренду присяжному поверенному А.А. Токарскому. Николай Гаврилович часто заходил к нему в гости.

По договору арендатор имел право на ремонт дома "в том размере, в каком он найдет для себя необходимым". В 1887 году после ремонтных работ были сделаны изменения во внутреннем и внешнем облике здания: передвинуты стена и двери в двух комнатах, увеличен нижний балкон и навес над ним. Именно этот вид дома зафиксирован на акварели В.А. Пыпиной 1880-х годов и фотографиях начала XX века.

С 1920 по 1927 годы в доме производились ремонтно- восстановительные и частично реставрационные работы. Архитектор А.В. Горшенин, автор проекта, ориентировался, в основном, на воспоминания современников и родственников Чернышевских, помнивших дом до ремонтов 1880-х годов. Сложнее было восстановить облик дома до пожара 1866 года, так как изображений зданий этого периода не сохранилось.