Саратовская православная духовная семинария – высшее духовное учебное заведение Саратовской епархии Русской православной церкви. В 1770 году в Саратове, входившем в Астраханскую епархию, открылось духовное мужское училище (семинария). Однако уже в начле 1777 года в связи с открытием в Астрахани новой семинарии его упразднили, и о духовном образовании в Саратове пришлось на долгие годы забыть, несмотря на многочисленные инициативы возродить училище. Не изменило ситуацию и образование в 1799 году Саратовской епархии, фактическим центром которой стала Пенза. Лишь в 1820 году в Саратове основали начальное духовное училище.
Долгожданное открытие семинарии состоялось в 1830 году. Торжественная церемония прошла 26 октябpя (7 ноября) в Тpоицком собоpе: после молебна участники прошли крестным ходом к соседнему зданию (бывший дом Котенева и затем Устинова, ныне Русская классическая гимназия), выкупленному для семинарии Святейшим Синодом годом ранее. Также занятия проводились и в стоявшем рядом другом особняке Устиновых (ныне краеведческий музей), где помимо учебных классов разместилось общежитие семинарии. В 1870-х годах было принято решение о строительстве нового просторного здания, первые проекты которого выполнил А. М. Салько. Утверждён в конечном итоге был проект синодального архитектора Н. Н. Маркова, после чего Салько подготовил смету на строительство, начатое в 1882 году подрядчиком купцом А. И. Селивановым. В 1885 году новый учебный корпус семинарии с больницей, баней и службами был сдан в эксплуатацию.
В том же году 6 октября епископ Саратовский и Царицынский Павел освятил в семинарии домовую цеpковь во имя Апостола и евангелиста Иоанна Богослова. На нижнем этаже нового здания размещались квартиры ректора, инспектора и преподавателей, правление, библиотека, физический кабинет и приёмная. В бельэтаже располагались классные комнаты, гимнастический и рекреационный залы и домовая церковь, выходившая задним крылом во двор. На верхнем этаже были обустроены спальни, умывальни и комнаты помощников инспектора семинарии.
Иконостас в домовом храме был дубовый резной, расписанный академиком живописи Л. С. Игоревым. В 1894 году во дворе возвели небольшую колокольню на средства А. И. Селиванова. В 1899 году при семинарии начало работу Общество вспомоществования недостаточным воспитанникам Саратовской семинарии, целью которого была поддержка малоимущих учащихся, многие из которых были выходцами из бедных сёл.
В Первую русскую революцию 6 марта 1906 года воспитанники семинарии присоединились к общегородскому протесту учащихся учебных заведений против решения Военного суда по делу эсерки Анастасии Биценко, убившей в доме губернатора В. В. Сахарова. Эти события повлекли за собой определённые реформы в семинарии, инициатором которых был епископ Гермоген. В годы Первой мировой войны семинарское здание было большей частью передано под нужды армии.
С приходом к власти большевиков в марте 1918 года семинария была закрыта, а её здание передали военной организации при Саратовском комитете РСДРП и партийным курсам пропагандистов и агитаторов. Впоследствии в нём многие годы размещался педагогический институт.
Возрождение же семинарии состоялось лишь 16 ноября 1947 года усилиями епископа Саратовского и Вольского Бориса (Вика). Разместились учебные классы и домовая церковь во имя Серафима Саровского в специально приобретённом доме на углу улиц Посадского и Университетской. Под общежитие епископ передал свой двухэтажный дом на углу улиц Валовой и Мичурина, в полуподвальном помещении которого устроили Крестовую церковь в честь Феодосия Черниговского и столовую для семинаристов. Также часть учащихся жила в бывшем доме протоиерея В. М. Спиридонова в районе Глебучева оврага на Октябрьской улице.
При Н. С. Хрущёве гонения на веру были возобновлены и в 1960 году саратовскую семинарию вновь закрыли.
Третье рождение семинарии состоялось уже после развала СССР в 1992 году в здании архиерейского дома на площади Чернышевского. Через несколько лет под семинарию также освободили первый этаж бывшей духовной консистории на соседней площади Столыпина. В 2003 году семинария перешла на пятилетнюю систему обучения и через год получила статус учреждения высшего профессионального религиозного образования.
Историческое здание на улице Мичурина было возвращено семинарии в 2007 году благодаря активным действиям Преосвященнейшего Лонгина, Епископа Саратовского и Вольского, после чего начался его масштабный ремонт. 22 декабря 2011 года первый проректор игумен Варфоломей (Денисов) в сослужении протоиерея Димитрия Полохова и иеромонаха Германа (Лытуса) совершил чин освящения купола и креста храма во имя Иоанна Богослова. 9 октября 2013 года Митрополит Лонгин отслужил в восстановленном храме первую Божественную литургию.
К 2014 году здание семинарии было прекрасно отреставрировано с сохранением исторического облика. Сегодня учебное заведение имеет очное и заочное отделения, располагает библиотекой и выпускает ежегодный "Сборник трудов Саратовской православной духовной семинарии". Для учащихся регулярно организуются паломнические поездки, в преподавательский состав входят как священнослужители, так и миряне.