Слобода казённая и удельная Малый Узень упоминается в Списке населенных мест Российской империи по сведениям 1859 года. Село относилось к Новоузенскому уезду Самарской губернии. Село находилось на границе с землями Внутренней Киргизской орды, в 36 верстах от уездного города.
Малый Узень исторически считается слободой, причем довольно древней — в 2012 году ей исполнилось 250 лет. Манифестом Екатерины Великой русским людям, бежавшим за границу, а также иностранным колонистам позволялось свободно возвращаться в свое Отечество и селиться в Заволжье.
Разрешение было также связано с разработкой Эльтонского солевого месторождения. Добытую на озере Эльтон соль необходимо было доставлять на волах к волжским пристаням, под охраной волжских казаков. Именно в 1747 году возникли первые крупные поселения в степном Заволжье, которые их жители — казаки и солевозы — называли слободами.
Слобода Малый Узень (слово «узень» в переводе с казахского означает «река») основана переселенцами из центральных губерний России, в том числе крестьянами-молоканами, ранее 1747 года. Это самое старейшее поселение на территории Питерского района (молокане — последователи секты духовных христиан, одной из старых форм русского сектантства, возникшей в начале XVIII века; названы «молоканами» за употребление молока в постные дни. — Ред.).
В конце XVIII века слобода Малый Узень становится казачьим кордоном по защите мирных земледельцев от набегов кочевников. В 1910 году здесь жило более 10 тысяч (!) человек — такие крупные в то время были села. Две церкви, лютеранский молитвенный дом, двухклассная министерская школа с домовой церковью, пять земских школ, библиотека-читальня, частное реальное училище и женская гимназия, волостной банк, метеостанция, почтовое отделение, земская станция, земская лечебница, аптека.
Старинный храм является ровесником самого села. За историю своего существования храм неоднократно перестраивался:из деревянного стал кирпичным и был перенесен на местное кладбище. В советские годы в помещении храма была устроена мельница. Последствия такой эксплуатации сказались в настоящее время. Мельничное оборудование находится в нем и сейчас, оно стоит прямо посреди храма, уродуя его своими железными клиньями, упирающимися прямо в храмовый потолок. От их вибрации, когда мельница еще работала и молотила зерно, храм и начал разрушаться, говорит отец Сергий Ясиновский. Над входом здесь до сих пор висит табличка: «Малоузенская мельница № 42».
В наши дни: в 90-х годах помещение старого храма передали православным. Сейчас здание в аварийном состоянии, Троицкий храм стоит закрытый и потихоньку разрушается. Останки его роскошной византийской архитектуры с колоннами и портиками выглядят в местном экстерьере анахронизмом, заброшенным свидетельством величия былых времен. Реставрировать его своими силами сельчанам не под силу, но есть надежда включить храм в государственную программу восстановления памятников архитектуры.